新潟という地名が初めて登場するのは、戦国時代です。永正17年（1520）の史料「越後過去名簿」（高野山清浄院所蔵）に「新方」という地名が見られます。また、永禄7年（1564）の史料「永録六年北国下リノ遣足」に「ニイカタ」「新方」という地名が見られ、永禄11年（1568）の上杉輝虎（後の謙信）の手紙の中には「新潟」が出てきます。両方の資料の中に、蒲原、沼垂という湊町が出てきますが、これらは7～8世紀の文献にも出てくる古い湊町です。「新」とつくのは、それらに比べて新しいといったことだと思われます。

明治2年（1869）明治新政府は、旧幕府領であり安政5年（1858）の日米修好通商条約締結により開港場になった新潟町（現新潟市）に、新潟県を設置し直接支配しました。明治新政府は開港場となる新潟を内政・外交の一括掌握というする方針をもっていたからです。その後の廃藩置県を経て現在の行政組織としての新潟県へとつながっていきます。